Это один из вопросов, вызывающих ответы и да, и нет. На самом деле тут нет сомнений: вычет пени не ограничен НК. Имеющееся ограничение в ст. 30 (1) НК относится лишь к пени по налогам. Поэтому если пеня предусмотрена договором, то она обычна и необходима.
Другой вопрос — какой документ выписывается на пеню: налоговая накладная или иной документ, без серии и номера? Пеня не является объектом обложения НДС, поэтому налоговая накладная не обязательна, но может быть выписана, так как запрета нет.